მოლეკულური სიმულატორებიდან QMol-საც შეგიძლია გადახედო :
http://en.bio-soft.net/3d/qmol.html
ადრე ჩემი ძმა მუშაობდა ანალოგიურ პროექტზე და მეც მქონდა კოდთან შეხება, PDB ფაილებს ხსნის როგორც მახსოვს, ეგენი მოლეკულის ფაილებია და კიდე გუგლის scetchup-ის სტუდიაში გაკეთებული მოლეკულების ვიზუალიზაციის მხარდაჭერაც ქონდა
მაგ სორსს რაც შეეხება, კონსოლური აპლიკაციაა ანუ გრაფიკული ინტერფეისი არ გააჩნია და მაგის გავინდოზავრება არ იქნება ძნელი უბრალოდ კონსოლის ფანჯარაში გაეშვება, კოდს გადავხედე და ყველაფერს სტანდარტულს იყენებს გარდა თარიღის და დროის ფუნქციებისა, ეგენი unix-ის ბიბლიოთეკებიდან აქვს გამოძახებული
100%-იანი ხარ, მარტო 64 ბიტიანზე დაკომპილირება არ ივარგებს, ის ბონუს რეგისტრები უნდა გამოიყენოს პროგრამამ რაც 64 ბიტიან რეჟიმში აქვს სისტემას, და მაგარ
სისტემაზე რო გაეშვას მრავალნაკადიანი უნდა გახდეს ანუ thread-ებში უნდა გაეშვას ყველა ბრძანება :)